影响二氧化氯效果的主要因素有环境条件和二氧化氯消毒条件。前者包括体系温度、pH值、悬浮物
含量等，后者包括二氧化氯投加量、接触时间等。
温度越高，二氧化氯的灭活效力越大。一般二氧化氯对微生物的灭活效率随体系温度的上升而提高。体系pH值对二氧化氯灭活微生物效果的影响机理较为复杂。有观点认为，体系pH值可能超过改变二氧化氯对其他物质的反应速率，而间接影响其灭活微生物的效果。虽然体系pH值对二氧化氯灭活微生物效果的影响因微生物种类不同而异，但相对液氯而言，在pH值为6.0～8. [#]范围内，一般二氧化氯对病毒和孢子等多数微生物的灭活效果受体系pH值的影响较小。对于稳定性二氧化氯消毒而言，pH值愈低，其活化率愈高，灭活能力愈强。通常情况下，在pH值为6.0～ [#]0.0范围内，二氧化氯对多数细菌的灭活效果不受pH值的影响，但人们发现二氧化氯对埃希大肠杆菌的灭活效果随pH值的上升而提高。
悬浮物被认为是影响二氧化氯效果的重要因素之一。因为悬浮物能阻碍二氧化氯直接与细菌等微生物相接触，从而不利于二氧化氯对微生物的灭活。当微生物聚集成群时、二氧化氯对它们的灭活效果也大大降低。
二氧化氯对微生物的灭活效果随其投加量的增加而提高。消毒剂对微生物的总体灭活效果取决于残余消毒剂浓度与接触时间的乘积，因此延长接触时间也有助于提高消毒剂的W菌效果。
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